| Observation date (beginning) | Species | Count | Observation location | Status |
| 01.07 2025 | Ficedula parva () | | Pärnu maakond, Pärnu linn, Pärnu linn | unconfirmed |
| 30.06 2025 | Lanius collurio (Red-backed Shrike) | 1 | Pärnu maakond, Saarde vald, Marina küla | confirmed |
| 30.06 2025 | Charadrius dubius (Little Ringed Plover) | 2 | Pärnu maakond, Saarde vald, Marina küla | confirmed |
| 30.06 2025 | Haliaeetus albicilla (White-tailed Eagle) | 1 | | confirmed |
| 30.06 2025 | Platanthera chlorantha (Greater Butterfly orchid) | 30 | Tartu maakond, Kambja vald, Kammeri küla | confirmed |
| 25.06 2025 | Herminium monorchis (musk orchid) | 30 | Lääne maakond, Haapsalu linn, Nõmme küla | confirmed |
| 25.06 2025 | Ophrys insectifera (Fly Orchid) | 50 | Lääne maakond, Haapsalu linn, Nõmme küla | confirmed |
| 25.06 2025 | Cypripedium calceolus (Lady's Slipper) | 2 | Lääne maakond, Haapsalu linn, Nõmme küla | confirmed |
| 25.06 2025 | Neottia nidus-avis (Bird's Nest Orchid) | 10 | Lääne maakond, Haapsalu linn, Nõmme küla | confirmed |
| 25.06 2025 | Epipactis atrorubens (Dark-red Helleborine) | 25 | Lääne maakond, Haapsalu linn, Nõmme küla | confirmed |
| 23.06 2025 | Dianthus arenarius () | 500 | Võru maakond, Võru vald, Tuderna küla | confirmed |
| 22.06 2025 | Sterna hirundo (Common Tern) | 10 | Pärnu maakond, Pärnu linn, Pärnu linn | unconfirmed |
| 22.06 2025 | Tadorna tadorna (Common Shelduck) | 2 | | unconfirmed |
| 19.06 2025 | Motacilla flava (Yellow Wagtail) | | Pärnu maakond, Häädemeeste vald, Võiste alevik | unconfirmed |
| 19.06 2025 | Haliaeetus albicilla (White-tailed Eagle) | 1 | Pärnu maakond, Häädemeeste vald, Tahkuranna küla | unconfirmed |
| 19.06 2025 | Sterna hirundo (Common Tern) | 10 | Pärnu maakond, Pärnu linn, Pärnu linn | unconfirmed |
| 16.06 2025 | Ciconia ciconia (White Stork) | 1 | Pärnu maakond, Saarde vald, Saarde küla | confirmed |
| 16.06 2025 | Grus grus (Common Crane) | 2 | Pärnu maakond, Saarde vald, Leipste küla | confirmed |
| 16.06 2025 | Gallinula chloropus (Common Moorhen) | 1 | Pärnu maakond, Saarde vald, Saarde küla | confirmed |
| 15.06 2025 | Coenonympha hero (Scarce Heath) | 1 | Viljandi maakond, Viljandi vald, Lalsi küla | confirmed |
| 13.06 2025 | Motacilla citreola (Citrine Wagtail) | | Pärnu maakond, Pärnu linn, Pärnu linn | unconfirmed |
| 08.06 2025 | Lanius collurio (Red-backed Shrike) | 2 | Viljandi maakond, Viljandi vald, Meleski küla | confirmed |
| 07.06 2025 | Lanius collurio (Red-backed Shrike) | 1 | Tartu maakond, Elva vald, Rannaküla | confirmed |
| 07.06 2025 | Motacilla citreola (Citrine Wagtail) | | Pärnu maakond, Pärnu linn, Pärnu linn | confirmed |
| 07.06 2025 | Orchis militaris (Military Orchid) | 2 | Tartu maakond, Elva vald, Lapetukme küla | confirmed |
|